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参保人在非定点医院（含个体诊所）就诊及商业药店发生的费用；因违法乱纪或打架斗殴、故意自伤自残、酗酒、吸毒、性病、非生产性农药中毒、交通事故、工伤事故、医疗事故等所发生的各类医药费用，以及其它法律法规及省市县新型农村合作医疗管理机构规定的不属补偿范围的费用。
新型农村合作医疗报销范围为：
参加人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分(即有效医药费用)。
新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额。医院年起付标准以下的住院费用由个人自付。同一统筹期内达到起付标准的，住院两次及两次以上所产生的住院费用可累计报销。超过起付标准的住院费用实行分段计算，累加报销，每人每年累计报销有最高限额。
以下情况不列入新型农村合作医疗报销范围：
(一)非区内定点医院门诊医疗费用(特殊病种门诊治疗费用除外)、未按规定就医、自购药品所产生的费用;
(二)计划生育措施所需的费用，违反计划生育政策的医疗费用;
(三)镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、人工器官、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗(如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等)以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用;
(四)存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等;
(五)因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费;
(六)出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用;
(七)城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目;
(八)区医管会确定的其他不予报销的费用。